대한불교조계종 제13교구 본사이다. 840년(신라 문성왕 2)에 진감선사 최혜소가 개창, 처음에 옥천사라고 부르다가 헌강왕 때 한 고을에 같은 이름의 절이 두 개가 있어 혼동을 일으켰으므로, 문전에 흐르는 쌍계에 연유하여 쌍계라는 호를 하사하고 학사 최치원으로 하여금 ‘쌍계석문’의 4자를 쓰게 하여 바위에 각자하였다.
그 후 두 차례나 화재로 절이 소실되었으나 1632년(인조 10)에 벽암을 비롯한 여러 승려들에 의하여 복구 ·중수되었다. 경내에는 국보 제47호인 진감선사대공탑비를 비롯하여 보물 제380호의 쌍계사 부도, 보물 제500호의 대웅전 등의 지정문화재가 있고, 이 밖에 5층석탑·석등·일주문·팔상전·명부전·천왕문, 중국의 승려 혜능의 두상을 봉안했다는 금당에 있는 육조정상탑과 나한전·금강문·마애여래좌상 등 많은 문화재가 있다.